OSX doit deviner quel moniteur est le bon, puisque les informations EDID sont les mêmes pour les deux (sauf le numéro de série, sans doute, mais OSX ne semble pas y prêter attention). En général, il essaie de rétablir la configuration précédente en regardant comment les périphériques sont attachés dans l'arbre de connexion, mais avec Thunderbolt l'arbre de connexion n'est pas aussi simple qu'il ne l'était avec displayport et USB.
Vous devriez pouvoir résoudre ce problème en connectant un seul moniteur à la fois (c'est-à-dire en débranchant la connexion thunderbolt du troisième moniteur, en connectant le deuxième, puis en rebranchant le troisième). Cependant, ce n'est pas l'idéal, surtout que toutes vos applications reviendront sur le moniteur principal, plutôt que sur la façon dont vous les aviez configurées auparavant.
Lorsqu'Apple sortira une mise à jour de l'écran thunderbolt, le fait d'attacher l'un des anciens écrans et l'un des nouveaux devrait également résoudre le problème - ils n'apparaîtront pas comme étant le "même" appareil, et OSX aura donc plus de facilité à savoir lequel est lequel.
Jusqu'à ce que cela se produise, une autre chose que vous pouvez essayer est d'attacher le troisième avec un câble d'extension thunderbolt. Il s'agit d'un périphérique actif, qui peut modifier l'arbre de connexion suffisamment pour qu'OSX ait plus de facilité à en garder la trace.
Si cela n'aide pas, votre meilleure chance sera d'attendre qu'ils rafraîchissent l'écran thunderbolt et de mettre à niveau un seul d'entre eux lorsqu'ils le feront.