En fait, j'ai trouvé la réponse sur un forum français. Il y est question de :
Connectez-vous au magasin via iTunes pour Mac (je pense que cela fonctionne de la même manière sous Windows, mais je n'ai pas testé).
Choisissez "Books" sur le haut "headband" (je ne connais pas le mot anglais, merci de corriger :) )
Cliquez sur "Acheter" dans la colonne de droite
Lorsque vous passez la souris sur le livre que vous voulez supprimer, un X apparaît. Cliquez dessus et votre livre sera caché. Il sera possible de le télécharger à nouveau (gratuitement je pense, mais encore une fois je n'ai pas essayé) mais il n'apparaîtra plus dans aucun de vos appareils.
Et voilà ! Je n'ai plus ce livre dans ma bibliothèque iBook !