Il existe deux types d'applications dans OS X.
Les applications basées sur des documents peuvent avoir plusieurs fenêtres, et elles ne ferment la fenêtre que lorsque vous cliquez sur le bouton de fermeture (croix rouge). L'autre type d'application n'a qu'une seule fenêtre, et lorsque vous cliquez sur le bouton de fermeture, l'application se ferme.
Cmd+tab dans OS X ne se comporte pas de la manière dont vous essayez de l'utiliser ; il sert simplement à basculer entre les applications ouvertes de manière similaire à alt+tab sous Windows (mais pas identique). Elle n'ouvre pas les applications qui ont été fermées.
Ce n'est pas la réponse que vous voulez entendre, mais je crains qu'il n'y ait pas de moyen de remplacer le bouton de fermeture de manière globale ; il fait partie de l'AppKit d'OS X et ne peut pas être facilement remplacé par un logiciel tiers.
Une solution plus simple consisterait à ne pas cliquer sur fermer lorsque l'on souhaite uniquement masquer une application. Essayez d'appuyer sur Cmd+H à la place, ou peut-être de réduire la fenêtre en cliquant sur le bouton jaune au lieu du rouge.
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Quelles applications en particulier ? La plupart de celles que j'utilise ne le font pas.
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Idéalement, toutes les applications.
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Vous pouvez rouvrir une fenêtre par défaut en maintenant l'option avant de relâcher la commande. Witch et LiteSwitch X ont une option pour que ce soit le comportement par défaut.