Cela semble dépendre de la façon dont l'image a été créée et de son arrière-plan actuel.
Test avec le exemple donné dans les commentaires Je constate le même comportement que l'OP en utilisant Preview.
Même dans Photoshop, la même chose se produit... sauf si je transforme d'abord l'image en un calque non verrouillé. Après cela, l'effacement se fait en transparence.
J'ai testé avec d'autres images réalisées dans photoshop avec transparence, puis enregistrées en jpg. J'ai également vérifié la conversion du jpg en png d'abord, avant de tester.
Il semblerait que Preview ne soit pas la seule application qui permette d'obtenir une couleur prédéterminée. Photoshop fera de même, à moins d'être converti en un calque distinct. [Dans Photoshop, vous avez le choix de la couleur, mais "transparent" n'est pas une option].
Je dirais donc qu'il ne s'agit pas d'un bogue, mais d'un comportement voulu ; une limitation d'une image à une seule couche.
Je ne vois pas d'autre solution que d'utiliser un logiciel graphique dédié, comme Photoshop ou Gimp.