J'ai une solution que j'ai réussi à inverser. Je l'ai testée sur ma machine, sous Yosemite 10.10.4 (14E46). Si vous pouvez trouver l'ID du bundle (dans le fichier Info.plist du bundle de l'application), vous pouvez utiliser ce script pour forcer l'application à apparaître dans le panneau de préférences des notifications.
# "Usernoted" seems to be the "user notifications daemon", so get it's PID.
pid=$(ps aux | grep -i [u]sernoted | awk '{print $2}')
# Find the sqlite3 database that this program has open. It's in a "private" folder (app sandboxing).
db="$(lsof -p $pid | grep com.apple.notificationcenter/db/db\$ | awk '{print $9}')"
# I got the bundleid from Spotify.app/Contents/Info.plist
bundleid="com.spotify.client"
# I use 0 as the flags because you can change all the settings in System Preferences
# 5 seems to be the default for show_count
# Grab the next-highest sort order
sql="INSERT INTO app_info (bundleid, flags, show_count, sort_order) VALUES ( '$bundleid', 0, 5, (SELECT MAX(sort_order) + 1 FROM app_info) );"
# Run the command
sqlite3 "$db" "$sql"
# Restart usernoted to make the changes take effect
killall usernoted
À ce stade, vous pouvez ouvrir Préférences Système -> Notifications, et vous trouverez l'application que vous venez d'ajouter en bas de la liste. Vous pouvez activer / désactiver le badgeage de l'icône à partir de cette page.
