Un utilisateur du forum MacRumors a créé une application qui permet de réaliser exactement cette tâche : trouver et supprimer toutes les photos d'un dossier ou du rouleau de l'appareil photo qui n'ont pas été marquées comme favorites.
L'application est "Deleter" par saleksandras et c'est à : https://itunes.apple.com/us/app/deleter/id1180101544?ls=1&mt=8
Je viens de lancer l'application, et ça a parfaitement fonctionné ! Elle a sélectionné les 2 600 photos de mon téléphone que je n'avais pas marquées comme favorites et a ignoré les 600 que j'avais favorisées. Lorsque j'ai appuyé sur le bouton "Supprimer", toutes les photos non favorites ont été déplacées de mon rouleau de photos vers le dossier des photos récemment supprimées (afin que je puisse les récupérer pendant 30 jours si nécessaire). Il a fallu une minute environ pour tout supprimer, mais il s'agissait de 9 Go de photos, donc je pense qu'il peut être excusé pour cela :)
C'était un peu angoissant de supprimer autant de photos, mais j'avais déjà sauvegardé mon rouleau d'appareils photo sur mon PC à l'aide de l'application PhotoSync (un autre outil formidable), donc je n'étais pas vraiment inquiète.
Je ne sais pas pourquoi Apple n'inclut pas un outil de sélection de masse pour sélectionner facilement toutes les photos favorites ou non, mais cette application fait l'affaire !