Oui, vous pouvez le faire, mais il y a des choses importantes à garder à l'esprit.
Tout d'abord, je tiens à préciser que je ne suis pas un avocat ou un expert en propriété intellectuelle. Ce n'est que mon opinion, aussi éclairée que possible.
À ma connaissance, il n'y a pas d'interdiction dans les règles de l'App Store concernant ce que vous faites avec votre code source. Le principal problème survient lorsqu'il y a un conflit entre la licence du code source (c'est-à-dire la GPL) et l'App Store. C'était le problème avec l'application VLC que Ian C a mentionné dans les commentaires, notamment en ce qui concerne les autres bibliothèques open source utilisées dans une application.
Un autre problème se pose lorsque tout le code ne vous appartient pas, c'est-à-dire que d'autres personnes ont contribué et détiennent des droits d'auteur sur certaines parties du code. Vous ne pouvez pas soumettre à l'App Store quelque chose dont vous n'avez pas les droits, donc tous les propriétaires du code du projet doivent être d'accord.
Cela dit, si nous parlons d'un programme que vous avez entièrement développé vous-même, sans code provenant d'autres projets ou d'autres personnes, vous êtes libre d'en faire ce que vous voulez - vous pouvez le publier sur l'App Store, l'exploiter sous la licence que vous voulez (la licence s'applique à ce que les autres en font, pas vous).
Il existe quelques applications libres sur l'app store, vous pouvez en trouver une liste partielle. ici