Les données utilisateur sont conservées dans des zones très spécifiques des applications iOS, et il existe d'autres zones (cache et tmp) où les données peuvent être stockées temporairement et recréées à la volée (ou en les téléchargeant à nouveau) si nécessaire. Jusqu'à iOS5, une mise à jour via l'App Store serait une réinstallation complète, mais en préservant la zone de données utilisateur afin que votre version mise à jour d'Angry Birds conserve vos scores élevés, etc. Cependant, si vous supprimez l'application, vous supprimez également ces zones utilisateur, car elles ne peuvent pas exister en dehors de l'application (elles sont sandboxées et ne sont pas accessibles via un mécanisme de système de fichiers, etc.)
Pour sécuriser ces zones, effectuez une sauvegarde via iTunes. L'application (ou la dernière version binaire de celle-ci) est stockée ainsi que les données utilisateur. Il est possible de télécharger une application, créer des données, les sauvegarder, supprimer l'application et les données, puis mettre à jour l'application depuis iTunes sans l'installer sur votre téléphone, puis ajouter à nouveau l'application dans votre liste de synchronisation, moment où elle poussera la nouvelle binaire et rétablira les zones utilisateur avec vos données sauvegardées.
Je crois qu'à partir d'iOS 5, une mise à jour "delta" est possible, où plutôt que de réinstaller toute l'application par-dessus (en conservant les données utilisateur), vous ne téléchargez que les parties qui ont changé, mais je ne trouve pas les détails exacts en ce moment. Certainement, les futures mises à jour du système d'exploitation se feront de cette manière, et je suis sûr que cela arrivait si ce n'est déjà le cas pour les téléchargements sur l'App Store, tant sur Mac que sur les magasins d'applications iOS.
