Le Mac Pro 3,1 est un Mac difficile à démarrer sans disque système. Beaucoup de gens prétendent qu'ils peuvent démarrer à partir d'une clé USB - 13 ans de preuves contradictoires sont de mon côté ;)
Je dirais que vous avez besoin d'un disque système amorçable prêt à l'emploi, et j'ai bien peur que Windows ne vous en fournisse pas un.
Si vous avez un ami qui possède un Mac qui fonctionne encore avec El Capitan, apportez-lui votre disque.
Sinon, si le SuperDrive fonctionne encore (les SuperDrive ne durent pas forcément 13 ans non plus), l'achat d'un CD/DVD d'installation de Snow Leopard* sur eBay pourrait être votre carte de sortie de prison.
Comme dernière alternative, bien qu'encombrante, n'importe quel Apple Store le fera pour vous. Je ne sais pas si les Apple Store installeront un disque dur/SSD si vous leur en donnez un, mais ça vaut la peine de demander.
*Version de détail, image d'un chat sur le disque, pas les gris qui peuvent être spécifiques au Mac.