Ma machine a MacOS 10.12.5 et MacTeX-2016 et cela fonctionne bien, à la fois avec Preview et Skim. J'ai utilisé la ligne de commande dans Terminal. Voici ce que latexmk --version
y pdflatex --version
rapport sur mon système, respectivement.
Latexmk, John Collins, 22 April 2016. Version 4.45
pdfTeX 3.14159265-2.6-1.40.17 (TeX Live 2016)
kpathsea version 6.2.2
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Primary author of pdfTeX: Han The Thanh (pdfTeX) et al.
Compiled with libpng 1.6.21; using libpng 1.6.21
Compiled with zlib 1.2.8; using zlib 1.2.8
Compiled with xpdf version 3.04
Je sais que ce n'est pas vraiment une réponse, mais je n'ai pas assez de réputation pour commenter votre question !