Ma réponse est testée en 2019 avec iTerm2.
Allez dans Paramètres > Profils, sélectionnez le profil souhaité (il peut s'agir du profil par défaut, vous devrez répéter l'opération pour chacun d'entre eux), sélectionnez l'onglet "Clés" et modifiez le comportement des touches d'option (alt) de gauche et de droite en Esc +.
C'est en fait dans leur FAQ :
Q : Comment puis-je faire en sorte que la touche option/alt agisse comme Meta ou envoie des ou envoyer des codes d'échappement ? R : Allez dans Préférences > onglet Profils. Sélectionnez votre profil sur la gauche, puis ouvrez l'onglet Clavier. En bas, vous trouverez un ensemble de boutons qui vous permettent de sélectionner le comportement de la touche Option. Pour la plupart des utilisateurs, Esc+ sera le meilleur choix.
BONUS
Si vous posez la question de l'option (Alt) + clic, je suppose que vous voulez également que l'option (Alt) + retour arrière fonctionne.
Dans la même interface utilisateur (panneau des touches), cliquez sur le bouton "Load Preset" et choisissez "Natural Text Editing". Répétez cela pour chacun de vos presets.
Maintenant, Option + clic et Option + retour arrière fonctionnent tous les deux.
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J'ai jeté un coup d'oeil au code source et oui, la fonctionnalité était présente dans la version 0.7.0 de iTerm (pas iTerm2). Mais elle est commentée (dans le fichier PTYSession.m) dans le tronc (et probablement dans les versions antérieures). Et dans iTerm2 la fonction est toujours là mais vide et donc ne fait rien.