J'ai eu un problème similaire : La mise à jour du firmware du "Thunderbolt display firmware update 1.2" continuait de réapparaître dans l'AppStore, même si la mise à jour semblait réussie.
Selon Apple la mise à jour est réussie lorsque la Version du firmware est 26.2 et la Version du micrologiciel du port est 2.0.7 (visible dans A propos de ce Mac -> Rapport système).
Les versions mentionnées étaient correctes dans mon cas, mais la mise à jour continuait de réapparaître dans l'AppStore... (probablement j'ai téléchargé et installé la mise à jour manuellement après le premier échec, mais je ne me rappelle pas...)
Pour se débarrasser de la mise à jour ennuyeuse dans l'AppStore, j'ai utilisé la commande softwareupdate dans le terminal :
softwareupdate --ignore TBdisplayFWUpdate1.2
Le nom du package de mise à jour peut varier. Par exemple :
softwareupdate --ignore ThunderboltFirmwareUpdate1.2
Pour trouver le nom correct de la mise à jour pour votre machine, utilisez la commande suivante et copiez le nom du package de mise à jour jusqu'au "-"
softwareupdate -l