La réduction dans le coin droit du plateau est à peu près la norme pour les applications dites "basées sur des documents", où une application ouverte peut avoir 1 ou plusieurs fenêtres (ou "documents") ouverts. Cela permet à chaque fenêtre individuelle d'avoir son propre icône réduit, avec un aperçu basé sur l'icône pour vous permettre de les distinguer.
Les applications qui ne sont pas basées sur plusieurs fenêtres, comme l'Utilitaire de disque, par exemple, se réduisent généralement à l'icône de l'application, et même si (comme Safari) elles ont plusieurs fenêtres, en cliquant sur l'icône de l'application dans le dock devrait vous amener à la fenêtre la plus récente si ce n'est pas simplement la seule.
De toute façon, l'icône de vos applications en cours d'exécution pour Safari devrait rester dans le dock, bien que je doive admettre que la mienne a récemment disparu, bien que je ne puisse me rappeler si c'était avant ou après ML.
Un redémarrage devrait régler le problème, car il semble être un défaut passager, mais si vous êtes familier avec Terminal.app, vous pouvez taper ce qui suit pour redémarrer le processus Dock, ce qui devrait éliminer ces éventuels problèmes :
killall Dock
Vous pouvez également forcer les applications basées sur des documents à se réduire uniquement à l'icône du dock et à ne pas produire d'icônes par fenêtre sur le côté droit du dock dans les Préférences Système: