Comment contrôler où le script exécuté par cron enregistre les fichiers ?

Faire un `cd /path` dans votre script ne change que le répertoire pour le shell qui est créé pour exécuter la commande shell. C'est la même chose que de faire

system('cd /path');

Il ne change pas le cwd (répertoire de travail actuel) du script lui-même. La meilleure façon de le faire est de demander à votre script d'écrire les fichiers dans un répertoire spécifique. Si votre script en perl est un simple wrapper pour wget, vous pouvez vous passer du script en perl et faire quelque chose du type :

wget -O /full/path/to/file http://host/url/here

Si vous voulez faire cela en perl (idée d'exemple, non testée)...

use LWP::Simple qw(get);
my $url = 'http://host/url/here';
my $result = get $url;
open(my $fh, ">", "/path/to/file");
print $fh $result;
close($fh)

Une dernière option (encore une fois non testée)...

00 6 * * * cd /path/you/want;/Users/username/path/to/script/wget.pl 1;