Il pourrait y avoir plusieurs explications à vos retards, et je commencerais peut-être par vérifier le Moniteur d'activité et la Console. Dans le Moniteur d'activité, y a-t-il des applications ou des processus qui occupent un pourcentage inordinaire de temps CPU ou de RAM ? Dans la Console, y a-t-il des erreurs signalées ? Ce ne sont là que des stratégies de dépannage de base, et peut-être que vous les avez déjà épuisées.
Vous pourriez constater que vous n'avez pas assez de RAM pour faire fonctionner le programme de manière optimale. J'ai une machine de 4 Go et j'ai rencontré des ralentissements similaires avec Aperture. La solution qui a fonctionné pour moi a été de faire fonctionner le programme en mode 32 bits. Vous pouvez le faire en sélectionnant le programme (dans votre cas Omnigraffle) dans le Finder, en choisissant Fichier > Obtenir des informations, puis en cochant la case "Ouvrir en mode 32 bits".
Gardez à l'esprit que le mode 32 bits limitera (je crois) le programme à une adresse maximale de 4 Go de RAM. Ce n'est pas un problème pour vous maintenant, mais cela pourrait limiter les performances si vous ajoutiez plus de RAM à votre système à l'avenir.