D'après mon expérience, il n'y a jamais d'"option" pour créer une partition de récupération. J'ai effectué un certain nombre d'installations propres à partir de DiskMaker USB et, à chaque fois, des partitions de récupération ont été créées automatiquement au cours du processus d'installation. Pour moi, le processus de mise à niveau typique consiste à effacer le disque existant ou à en installer un nouveau, à utiliser une clé USB créée par DiskMaker X pour installer la version d'OS X souhaitée, puis à importer les applications, les données et les profils d'utilisateur requis depuis Time Machine.
Ce système a fonctionné sans problème avec Lion, Mountain Lion et Mavericks sur une variété de systèmes.
Internet Recovery installe toujours la version d'OS X qui a été initialement livrée avec le produit. La restauration locale réinstalle la version d'OS X qui a été utilisée pour créer la partition de restauration. Un scénario typique consisterait à prendre un disque vierge installé dans un système, à démarrer sur un programme d'installation USB de Mavericks, à utiliser Disk Utility pour créer la partition d'installation, puis à lancer le processus d'installation. Le programme d'installation d'OS X redimensionnera la partition que vous avez créée automatiquement et créera la partition de récupération. Dans ce cas, une réinstallation à partir de la récupération locale permettrait d'utiliser Mavericks.
Je comprends que vous voyez quelque chose de différent, mais je n'ai encore jamais vu une installation avec Lion ou une version plus récente à laquelle il manquait la partition de récupération lorsque l'installation était effectuée sur un disque dur neuf ou effacé. Un système avec une série de mises à niveau en place manquera la partition de récupération, par exemple, Snow Leopard à Lion à Mountain Lion, mais cela ne semble pas être le scénario que vous discutez.