Il peut être difficile de vous donner une réponse concrète par oui ou par non, car les choses peuvent toujours mal tourner, et même si vous faites remplacer la batterie, vous pouvez casser quelque chose en la remontant. (La procédure de remplacement est une épreuve assez complexe, comme vous le savez probablement).
Cela dit, je a trouvé ce forum ce qui m'a poussé à creuser un peu plus. Il existe des logiciels qui vous permettent d'extraire la musique de votre iPod - comme par exemple CopyTrans qui peut vous permettre de sauvegarder votre iPod, si vous le souhaitez. En fait, voici un liste complète de logiciels qui devrait fournir cette fonctionnalité pour vous. Faites défiler ce lien vers le haut et vous trouverez peut-être d'autres informations utiles.
Pour en revenir au sujet : le remplacement de la batterie principale ne devrait pas avoir d'effet négatif sur votre iPod. (Remarque intéressante : Apple ne met jamais en garde contre le fait de laisser un appareil complètement déchargé trop longtemps au risque de perdre des données - il y a d'autres problèmes qui peuvent survenir si cela devait arriver, bien sûr). Les iPods utilisent un stockage Flash qui ne dépend pas d'une alimentation constante - comme certains types de RAM.
Donc, pour faire court : vous ne devrait pas perdre des données, mais sauvegardez-les quand même.