Terminal : "Argument non valide : dirname" (El Capitan)

J'ai remarqué le problème quand j'ai commencé à exécuter

defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles YES

dans OS X Terminal (10.11.2), mais le résultat est le suivant

bash: /usr/bin/defaults: Invalid argument

Je ne suis pas sûr de ce qui se passe avec les valeurs par défaut, mais j'ai aussi un problème similaire avec Brew :

/bin/bash: /usr/bin/dirname: Invalid argument

J'ai clairement cassé quelque chose (ou peut-être un logiciel malveillant), mais je ne sais pas exactement comment ni quand cela s'est produit. Cela cause toutes sortes de problèmes. Des idées pour le réparer ?

Ma variable PATH ressemble à ceci :

/Users/username/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/MacGPG2/bin:/usr/texbin:/Users/username/.rvm/bin

EDIT : J'ai remarqué que mon problème est similaire à celui-ci : Erreurs des disques durs de OS X Yosemite même après les avoir réparés mais il n'y a pas de résolution.