Oui, je crains que cela ait un impact, mais pas nécessairement un grand. Je suis dans une situation similaire, une application apparemment bénigne (Postbox, un client de messagerie) force mes graphiques discrets à s'activer aussi (même modèle, MBP Retina).
Les auteurs sont pleinement conscients de ce problème mais disent qu'ils ne peuvent rien faire - en fin de compte, le choix d'activer ou non les graphiques discrets appartient à Apple, ils sont activés automatiquement si OSX détecte qu'un traitement graphique lourd est en cours.
Apparemment, dans le cas de Postbox, c'est dû au rendu des polices ou quelque chose comme ça. J'ai simplement appris à vivre avec. Si j'étais vraiment désespéré, je pourrais le forcer à revenir aux graphiques intégrés en utilisant l'outil que vous mentionnez.
L'ampleur de l'effet dépend vraiment de ce que fait l'application, et vous êtes le seul à pouvoir le déterminer, en l'essayant d'abord avec des graphiques discrets et en observant l'estimation de la batterie restante, puis à nouveau avec des graphiques intégrés. Cela devrait être un indice raisonnable.