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Donc il n'y a pas vraiment de Messages.app. C'est toujours iChat.app mais avec une certaine magie qui fait que le Finder l'affiche comme Messages. [...] [L]a magie se trouve dans l'entrée Bundle name du fichier Info.plist dans /Applications/iChat.app/Contents.
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Pourquoi Apple a-t-elle choisi de procéder de cette manière ? À mon avis, Apple voulait que Messages hérite de tous vos anciens paramètres iChat afin que vous n'ayez pas à tout refaire. De plus, comme Messages est en version bêta, Apple voulait que vous puissiez facilement désinstaller Messages et revenir à iChat comme si vous ne l'aviez jamais quitté. Je ne suis pas sûr que ce rebranding superficiel était le meilleur moyen d'atteindre ces objectifs, mais il semble que la perturbation soit minime.
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Pour des informations complètes, je vous renvoie à Poste Dr. Drang qui répond à cette question, et plus encore, sur iChat/Messages.