En fait, l'avantage n°1 d'utiliser MAMP est énorme : chaque fois que vous mettez votre système à niveau, votre environnement ne sera pas cassé !
Deux mises à jour de Snow Leopard (ou peut-être de Leopard à Snow Leopard, je ne me souviens plus) ont cassé Mysql. L'une d'entre elles consistait à déplacer le fichier mysql.socket. Une autre mise à jour a cassé PHP. Dans les deux cas, j'ai dû parcourir l'Internet pendant des heures pour trouver des sites obscurs contenant des informations sur la façon de les réparer.
Avec MAMP vous n'avez pas ce problème, vous pouvez installer toutes les mises à jour de votre système d'exploitation, ou même effacer le disque dur et l'installer à partir de zéro (à condition de faire une sauvegarde de votre application MAMP bien sûr) et avoir tout votre environnement comme avant. C'est la principale raison pour laquelle j'utilise MAMP. J'ai été piqué par ces problèmes trop souvent.
Inconvénients :
Lorsque vous compilez de nouveaux éléments, vous devez vous assurer que vous lui dites d'utiliser les fichiers MAMP et non les fichiers intégrés. Cela peut parfois être un problème pour certaines parties de Rails (je pense notamment à la gemme Phusion Passenger qui se plaint de ne pas trouver les sources apache). Mais selon la quantité de bricolage que vous faites, MAMP est une aubaine.
En ce qui concerne le fait d'avoir des choses dupliquées sur votre disque, la solution est très simple, il suffit de supprimer les installations intégrées qui vous dérangent, je me suis débarrassé de /usr/local/Mysql pour éviter les conflits. Mais je ne recommanderais pas de supprimer apache et PHP.