Faites en sorte que Skim enregistre les PDF avec des notes intégrées par défaut.

Les préférences de Skim comportent une option "Sauvegarde automatique des notes de Skim" que je vous recommande vivement d'activer. Cela crée un fichier .skim à côté du PDF. Skim enregistre toujours les annotations dans les attributs étendus, mais j'ai vu qu'elles disparaissaient après la synchronisation avec Dropbox. Ce n'est pas censé être le cas, mais ça l'a été. C'est pourquoi je garde toujours une sauvegarde des notes dans le fichier compagnon .skim.

Le grand avantage de Skim par rapport à Preview et à toutes les autres applications d'annotation de PDF est la rapidité des sauvegardes. Cela n'est possible que parce que Skim sépare les annotations du contenu du PDF. Le format PDF est tel que l'ajout d'une annotation à une page PDF nécessite la réécriture de l'ensemble du PDF sur le disque, ce qui peut être assez lent. Skim évite cet inconvénient de manière élégante car il ne réécrit pas le PDF, mais uniquement les attributs étendus.

Activez donc l'option de sauvegarde, et continuez à utiliser CMD S dans Skim pour sauvegarder votre travail. Si les attributs étendus sont effacés, lorsque vous lancerez le PDF dans Skim, il détectera le fichier .skim et vous proposera de le charger, ce qui vous permettra de poursuivre votre travail.

Conseil supplémentaire : DevonThink prend en charge les annotations Skim de manière native. Ainsi, s'il trouve un fichier .skim ou des attributs étendus pour le fichier PDF que vous consultez dans DevonThink, il affichera également les annotations. Cela évite d'avoir à exporter un PDF avec des notes intégrées à partir de Skim, ce qui est nécessaire pour que d'autres applications puissent afficher les annotations que vous avez faites dans Skim. (Skim fournit un SDK gratuit pour son format d'annotations, de sorte que d'autres visionneurs de PDF devraient pouvoir prendre en charge les annotations de Skim également).

Je reconnais que ce processus est lourd. J'ai trouvé que la façon la plus simple de le faire est avec un simple Applescript, que vous pouvez déclencher depuis le menu script ou depuis un lanceur.

Voici ce que j'utilise :

tell application "Skim"
  set namePDF to name of document 1
  set filePath to file of document 1
  save document 1 in (POSIX path of filePath) as "PDF With Embedded Notes"
end tell

Voici donc les étapes nécessaires pour répondre pleinement à votre question.

1. Copiez l'Applescript ci-dessus dans votre éditeur script.
2. Sauvegarder le script comme "Save as Embedded" en ~/Library/Application Support/Skim/Scripts . Si ce chemin n'existe pas, alors créez-le : créez d'abord le dossier Skim dans Application Support, puis créez un dossier scripts à l'intérieur de celui-ci.
3. Ouvrez le Keyboard puis créez "Raccourcis" en haut et "Raccourcis d'applications" sur le côté. Créez un raccourci Skim pour "Enregistrer comme incorporé", et attribuez-le à command+s

Comme le fait remarquer Mankoff, Skim vous le signalera à chaque fois puisque vous écrasez le fichier. Pour changer ce comportement, ouvrez une fenêtre de Terminal et entrez :

defaults write -app Skim SKAutoReloadFileUpdate -boolean true

Normalement, Skim enregistre les notes dans un format personnalisé en tant qu'attributs étendus. L'enregistrement avec des notes incorporées modifie le PDF actuel de sorte que les notes soient visibles par d'autres applications comme Aperçu. Il est en dessous de l'exportation car il ne préserve pas les choses comme le texte riche dans les notes ancrées. Voir le FAQ .

Est-ce que les attributs étendus sont sauvegardés en premier lieu ? Essayez d'ajouter quelques notes à un fichier et d'exécuter xattr -l file.pdf . Les PDF sont-ils stockés sur un volume non-HFS ? Tout fonctionne encore normalement pour moi avec la version 1.3.22.

Par ailleurs, il a été possible, d'après mon expérience, de récupérer des notes Skim qui ont été perdues dans Dropbox en utilisant Time Machine et en restaurant la version du fichier immédiatement après l'ajout des notes (vraisemblablement avant la première synchronisation Dropbox). Il est évident que vous devez utiliser Time Machine.... pas une solution mais un moyen de résoudre le problème immédiat qui peut avoir conduit quelqu'un à cette page.