Eteignez votre VM, ouvrez Parallels Desktop, sélectionnez la VM que vous souhaitez modifier puis, dans la barre de menu, sélectionnez Machine virtuelle -> Configurer...
Vous obtiendrez une fenêtre d'options dans laquelle vous pourrez modifier tous les paramètres de la VM. En ce qui concerne votre problème d'application, vous pouvez modifier ces paramètres sous Options -> Applications. Je décocherais "Partager les applications Windows avec le Mac".
Une fois cette étape terminée, vous devrez reconstruire manuellement la base de données LaunchServices. Ouvrez un Terminal et exécutez la commande suivante (sans le $) :
$ /System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Frameworks/LaunchServices.framework/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain system -domain user
$ killall Finder