Format AAC à 256 kbit/s, m4a
À l'origine, les chansons étaient encodées à l'aide de flux AAC 128 kbit/s cryptés par FairPlay dans une enveloppe mp4, en utilisant l'extension .m4p.
Depuis le 29 mai 2007, les titres du label EMI sont disponibles dans un format sans DRM appelé iTunes Plus. Ces fichiers ne sont pas protégés et sont encodés au format AAC à 256 kbit/s, soit le double du débit des pistes standard achetées par l'intermédiaire du service. Ils sont étiquetés comme "fichier audio AAC acheté" (.m4a) plutôt que comme "fichier audio AAC protégé" (.m4p) dans iTunes.
En janvier 2009, Apple a annoncé que toute la musique serait disponible au format iTunes Plus, mettant ainsi fin à la vente de musique avec DRM sur iTunes. En avril 2009, la vente de musique protégée a pris fin dans les versions occidentales de la boutique, rendant toute la musique de l'iTunes Store "iTunes Plus". Les utilisateurs de l'iTunes Store peuvent choisir de "mettre à niveau" n'importe quelle musique iTunes téléchargée vers iTunes Plus s'ils le souhaitent, mais la plupart des chansons doivent être payées pour ce faire. La musique protégée par DRM FairPlay était encore disponible dans l'iTunes Store japonais jusqu'au 22 février 2012, date à laquelle ils sont passés au modèle iTunes Plus[105].
En septembre 2009, Apple a introduit le format iTunes LP (connu avant le lancement sous le nom de code "Cocktail")[106] qui propose un contenu visuel et interactif à côté des pistes et des paroles de l'album.