Vous pouvez empêcher les applications de votre disque externe d'apparaître dans le menu Ouvrir avec en empêchant Spotlight d'indexer le disque.
Pour ce faire, naviguez vers Préférences système > Spotlight . Sélectionnez l'option Vie privée et ajoutez votre disque externe à la liste. Mutineer dans la capture d'écran ci-dessous est mon disque clone SuperDuper.
Mise à jour : Si je me souviens bien, c'est tout ce que j'ai fait pour résoudre le problème, mais si le problème persiste, deux étapes supplémentaires peut s'avérer nécessaire :
Faire en sorte que les services de lancement rechargent la liste des applications disponibles avec la commande /System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -all local,system,user. Comme les applications sur le deuxième disque ne sont plus disponibles via Spotlight, la nouvelle base de données ne contiendra que celles qui se trouvent sur le disque principal.
Redémarrer le Finder pour reconstruire son menu contextuel Ouvrir avec (Option-clic droit sur son icône dans le Dock pour obtenir l'option de redémarrage, ou faire killall Finder dans Terminal).
Crédit à @kopischke pour avoir fourni cette réponse concise sur SuperUser.
Si vous voulez éviter les incantations terminales, vous pouvez utiliser Onyx pour reconstruire l'index spotlight et la base de données des services de lancement.