Je crois que le comportement par défaut de Safari est d'ouvrir un lien dans la fenêtre ouverte la plus ancienne. Les fenêtres réduites ont tendance à vieillir, d'où l'ennui de Safari qui fait apparaître des fenêtres réduites lorsqu'on ouvre un lien à partir d'une autre application.
Vous pouvez facilement le tester. Attendez que cela se produise. Puis redimensionnez la fenêtre. Le comportement doit pouvoir être répété à l'infini. Copiez ensuite l'URL de la fenêtre que vous souhaitez réduire et fermez-la. Ouvrez une nouvelle fenêtre, collez l'URL, appuyez sur retour et réduisez-la. Ouvrez ensuite le lien externe et il n'ira plus vers cette fenêtre.
Bien sûr, cela n'aide pas - cela explique simplement le comportement. La seule chose qui pourrait éventuellement aider est de déposer un rapport de bogue :
http://www.apple.com/feedback/safari.html