J'utilise GoodReader pour cela. Il permet de surligner, de souligner de différentes manières, d'annoter et d'enregistrer des copies annotées pour préserver les originaux.
Il s'agit également d'une excellente application de gestion et de visualisation de fichiers à usage général. Une sorte de "Preview.app" pour iOS. Elle coûte 5 $ dans l'App Store. Elle en vaut la peine, à mon avis.
J'ai entendu dire qu'iAnnotate était bien meilleur pour l'annotation des tâches, d'où son nom, mais il coûte 10 dollars. Je possède déjà GoodReader, qui répond à mes besoins, et je ne vois pas pourquoi je dépenserais 10 $ de plus juste pour annoter des PDF.
J'espère que cela vous a aidé.