Je suis au courant cette question mais il est maintenant assez ancien. Si je crée une collection dans iBooks sur OSX (Yosemite, 10.10.3) et que j'ajoute un livre (epub - non acheté via iBooks), il ne se synchronise pas avec mon iPad (3ème génération, iOS 8.2) par wifi. Le nom de la collection est synchronisé sur l'iPad mais il est vide. Les deux appareils sont sur le même réseau local sans fil et connectés à l'internet.
Je crois que la synchronisation se faisait auparavant via iTunes et c'était le seul moyen de synchroniser les livres sur mon iPad, mais cela devrait maintenant fonctionner en utilisant uniquement iBooks. J'ai déjà effectué l'opération "Déplacer les livres d'iTunes" à partir du menu iBooks sous OSX.
L'option "Sync Collections" est activée dans les paramètres iBooks de l'iPad. Je cherche une solution sans fil, pas une synchronisation USB.