Selon toute vraisemblance, oui. Je ne l'ai pas testé exactement, mais si Time Machine détecte des fichiers manquants, il peut rencontrer des problèmes ou devoir sauvegarder à nouveau une partie importante. Une partie de la gestion des versions de Time Machine repose sur l'établissement de liens en dur entre de nombreux fichiers, de sorte que lorsque les versions précédentes qu'il s'attend à trouver ne sont pas présentes, de mauvaises choses peuvent se produire. Il s'agit d'un système un peu opaque, il est donc difficile de se prononcer avec certitude, mais il est préférable de ne pas se mêler de vos sauvegardes.
Si vous souhaitez une certaine redondance (ce qui est certainement une bonne idée pour votre système de sauvegarde), je vous suggérerais l'une des deux options suivantes. La première consiste simplement à configurer deux partages netatalk comme destinations Time Machine. OS X peut très bien gérer plusieurs disques Time Machine, alors autant profiter de cette fonctionnalité. Il suffit d'alterner périodiquement le partage en ligne.
La deuxième option consiste à cloner le disque de sauvegarde sur le serveur. Vous voudrez probablement faire une sorte de vérification pour vous assurer qu'il n'y a pas d'écriture active dessus, mais vous devriez être en mesure de faire un simple rsync des données (en vous assurant que les options appropriées sont là pour préserver fourchettes de ressources ) et disposez d'une deuxième copie de votre sauvegarde.