La chose la plus simple à faire est de nettoyer le fichier d'index que Mail utilise pour suivre les messages :
sqlite3 ~/Library/Mail/V2/MailData/Envelope\ Index vacuum;
Merci pour cette initiative conseil à l'estimable Brett Terpstra . L'article en lien explique comment créer un fichier AppleScript pour mesurer les choses avant et après afin de voir si l'opération a réduit la taille du fichier utilisé par Mail pour stocker les pointeurs vers les messages. J'ajouterais qu'il faut quitter Mail et faire une sauvegarde avant d'essayer de nettoyer le fichier. A vacuum
L'opération est normalement inoffensive, mais pourquoi ne pas prévoir une sauvegarde au cas où.
Par ailleurs, ce sujet remonte probablement à @bbum et son weblog-o-mat et peut-être plus profondément encore...