Existe-t-il une application pour iPhone 3GS qui stocke les SMS entrants de manière cryptée ?

Je ne pense pas que cela soit possible. En revanche, vous pouvez envoyer des SMS cryptés. Ainsi, au final, vous les aurez cryptés. SMS noir pourrait faire l'affaire. Extrait de Gizmodo's examen :

Voici comment cela fonctionne. Lorsque vous téléchargez l'application Black SMS, vous joignez un mot de passe à votre message, puis vous tapez ce que vous voulez dans l'application. Une fois le message terminé, cliquez sur Envoyer et l'application ouvrira automatiquement votre application SMS. Collez le message et le destinataire (et tous les autres) ne verra qu'une bulle de texte noire. Une bulle de texte noire secrète et cryptée. La personne qui reçoit le message copie la bulle noire et déverrouille le message en le collant dans Black SMS avec le mot de passe. Si cela semble compliqué, c'est que ça l'est. Mais bon, il n'est pas facile de garder des secrets.