La différence entre les deux est que la version App Store est "sandboxée", ce qui n'est pas le cas de la version autonome.
Le "sandboxing" signifie que l'application est limitée dans le type de ressources de votre ordinateur auxquelles elle peut accéder. C'est la raison pour laquelle, lorsque vous utilisez la version App Store pour la première fois, vous devez confirmer l'emplacement de votre OneDrive sur votre ordinateur. Ce dossier est alors disponible dans le bac à sable pour OneDrive.
Le sandboxing signifie que certaines fonctionnalités ne fonctionneront pas sur la version App Store - c'est-à-dire qu'elles ne sont pas disponibles. Cependant, Microsoft ne documente ni ne souligne nulle part quelles sont ces fonctionnalités. L'utilisation "ordinaire" de OneDrive par les particuliers est entièrement prise en charge, mais si vous souhaitez utiliser d'autres fonctionnalités, vous devrez peut-être vérifier qu'elles fonctionnent dans la version de l'App Store. Consultez par exemple ce guide de Microsoft :
https://support.office.com/da-dk/article/synkroniser-filer-med-onedrive-synkroniseringsklienten-på-mac-os-x-d11b9f29-00bb-4172-be39-997da46f913f
Il explique comment vous pouvez configurer OneDrive pour synchroniser les fichiers avec une installation Sharepoint d'entreprise. La première étape consiste à désinstaller la version App Store de OneDrive et à installer la version autonome.
En résumé : si vous voulez toutes les fonctionnalités, utilisez l'installateur autonome. Si vous souhaitez un processus d'installation simple et familier, utilisez la version App Store.
Seul Microsoft peut dire pourquoi il a décidé de proposer deux options d'installation différentes. En général, cependant, les raisons les plus courantes sont la prise en charge des installations automatisées des entreprises et la fourniture d'une installation "familière" et "facile à utiliser" pour les utilisateurs privés.