Avertissements du docteur Homebrew demandant la suppression d'une bibliothèque

J'ai reçu les mêmes avertissements de brew doctor . Pour me débarrasser de R que j'avais installé via le paquet cran, j'ai essentiellement suivi les mêmes étapes qu'Olivier, en supprimant donc l'application et le framework comme décrit dans le fichier R Installation et administration manuel :

rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app /usr/bin/R /usr/bin/Rscript

Ensuite, j'ai soigneusement supprimé les fichiers répertoriés comme appartenant au paquet par s'assurer qu'aucun répertoire n'a été supprimé (notamment l'ensemble des usr qui est listée dans la sortie de pkgutil -- supprimez celui-ci et vous obtiendrez une panique du noyau) :

for F in `pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11 | sed 's/^/\//'`
  do if [[ -f $F ]]
    then rm $F
  fi
done

Il ne me reste donc plus que quelques répertoires relatifs à Tcl et à Tk dans /usr/local/lib dont je me suis débarrassé manuellement , en vérifiant la sortie de pkgutil . Alternativement, mais en risquant de supprimer des répertoires non liés qui, pour une raison quelconque, ont été laissés vides, cela pourrait être fait via :

find /usr/local -type d -empty -delete

J'ai réinstallé R via brew install r sans problème.

J'avais l'intention de désinstaller complètement R de mon Mac et de le réinstaller en utilisant Homebrew.

ATTENTION : NE PAS SUIVRE CES ÉTAPES Veuillez lire jusqu'à la fin du message avant d'agir.

Les étapes que j'ai suivies sont les suivantes :

1) Supprimer l'application et le cadre R :

rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app \
   /usr/bin/R /usr/bin/Rscript

2) Supprimer les paquets accompagnant R (j'ai cru comprendre que R installait certains paquets). Sur mon système, j'ai identifié les paquets suivants :

$ pkgutil --pkgs | grep org.r-
org.r-project.R.Leopard.fw.pkg
org.r-project.R.Leopard.GUI.pkg
org.r-project.R.Leopard.GUI64.pkg
org.r-project.R.x86_64.fw.pkg
org.r-project.R.x86_64.GUI.pkg
org.r-project.x86_64.tcltk.x11

Pour voir quels fichiers composent le paquetage Tcl/Tk, par exemple, vous pouvez taper :

pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11

J'ai utilisé la commande suivante pour supprimer tous les fichiers et (sous-)dossiers de ce paquet :

# DO NOT RUN THIS it will delete /usr
# pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11 | xargs sudo rm -rf

Cela s'est avéré être une très mauvaise idée car cela a entraîné une panique du noyau et j'ai dû réinstaller Mavericks ! Apparemment, selon les génies de l'Apple Store, les paquets susmentionnés sont préinstallés avec Mavericks et, pour une raison inconnue, la suppression des fichiers du paquet susmentionné supprime certains fichiers système essentiels !

J'en ai conclu que l'utilisation de Homebrew causait beaucoup plus de problèmes au lieu de me faciliter la vie ! A l'origine, j'ai abandonné MacPorts pour Homebrew parce que Homebrew était plus rapide et que MacPorts semblait garder beaucoup de "feuilles" sur ses arbres ! De plus, les deux nécessitent une maintenance régulière.

Enfin, je renonce aux deux !