Tout d'abord, iOS 6 et Mountain Lion permettent de combiner le numéro de téléphone et l'identifiant Apple pour utiliser iMessage, mais il semble que vous ne l'ayez pas activé.
Have it separated vient des anciennes versions et vous donne également une sorte de mode de repli lorsqu'il n'y a pas de connexion internet disponible. Si vous envoyez un iMessage via Apple ID et que votre partenaire "de l'autre côté de la conversation" n'a pas de connexion, le message ne sera pas envoyé. En utilisant le numéro de téléphone, vous avez toujours la possibilité de renvoyer le message sous forme de SMS.
Si vous souhaitez combiner votre identifiant Apple et votre numéro de téléphone, ouvrez les préférences de votre appareil iOS, allez dans la section des messages, choisissez "envoyer et recevoir" et cochez à la fois votre identifiant Apple et votre numéro de téléphone. Paramétrez également l'application pour que toutes les conversations commencent à partir de votre numéro de téléphone.
Faites de même sur votre Mac. Ouvrez les préférences d'iMessage sur le Mac, allez dans comptes, choisissez votre compte iMessage et cochez votre numéro de téléphone et votre identifiant Apple. Paramétrez l'application pour qu'elle démarre les nouvelles conversations à partir du numéro de téléphone.
Désormais, vos flux devraient être combinés (les anciennes conversations resteront séparées).
Bien entendu, en cas de problèmes de connexion, il n'est pas possible d'envoyer un SMS depuis le Mac dans iMessages.
Pour répondre à votre question, vous disposez de plusieurs possibilités pour envoyer le message : Eh bien, parce qu'il/elle a différentes possibilités de contact (et technologies - vous pouvez envoyer un SMS au numéro au lieu d'un iMessage). Mais il a également la possibilité de combiner son numéro et son identifiant, ce qui devrait lui permettre d'obtenir un flux unique.