Je suis venu ici en essayant de résoudre le même problème (je pense) et après environ 45 minutes à essayer en vain (y compris en essayant de supprimer toutes les données du programme et de revenir aux paramètres d'usine), la réponse de grgarside m'a mis sur la bonne voie.
Pour supprimer mon compte iCloud en double non désiré, j'ai d'abord fait comme grgarside l'a suggéré, et j'ai supprimé les dossiers dans Library/Mail/V2 qui correspondaient aux comptes que je voulais supprimer. Cela n'a pas supprimé les comptes de l'interface Mail, donc j'ai essayé de supprimer le fichier Accounts.plist - cela supprime tous les comptes que j'avais configurés, cependant, et je ne voulais pas ça - je voulais m'assurer que le bon compte iCloud était SEULEMENT ajouté par le volet iCloud dans les préférences système, pour éviter tout autres doublons.
En fin de compte, j'ai ouvert le fichier Accounts.plist dans un éditeur de texte et j'ai supprimé toutes les informations concernant les comptes indésirables. Le format .plist est très facile à lire, donc ce n'est pas très difficile du tout - mais je vous recommande d'utiliser un éditeur de texte capable de mettre en évidence les balises correspondantes dans un fichier XML.
La partie que vous recherchez commence par ce qui suit:
MailAccounts
la chose suivante que vous verrez est une balise . C'est le début d'un 'objet' de compte individuel ; toutes les informations pour chaque compte seront entre les balises et . Trouvez le 'bloc' qui semble correspondre au compte que vous ne voulez pas, et supprimez tout de à , y compris les balises elles-mêmes. Soyez prudents cependant, car il y a un autre ensemble de balises imbriquées à l'intérieur pour contenir des informations sur le fournisseur de votre compte email - vous voulez vous assurer de sélectionner la paire extérieure correspondante.
Après avoir fait cela, j'ai pu charger à nouveau Mail, et les comptes non désirés avaient disparu. Les autres comptes fonctionnaient toujours correctement.
P.S. Si j'ai oublié de supprimer une autre trace qui reviendra me déranger, merci de me le faire savoir/modifier ce post. Mais jusqu'à présent, tout va bien.