Il n'est pas vraiment considéré comme "mauvais" de mettre des dossiers là-bas, mais (comme vous l'avez vu), cela peut poser des problèmes avec certaines applications.
La raison pour laquelle les mises à jour échouent : l'installateur/metteur à jour recherche une application dans le dossier /Applications et ne la trouve pas. Donc, il suppose que l'application n'est pas encore installée et que vous essayez d'installer l'application entière à partir de la mise à jour, ce qui échoue.
En alternatif, l'application pourrait être dupliquée parce que le metteur à jour ne trouve pas l'application et décide d'installer une nouvelle copie.
Pour éviter ce problème, voici ce que je recommande :
Créez un autre dossier "applications organisées" quelque part.
Créez des dossiers comme vous l'avez dans votre dossier /Applications.
Ouvrez une fenêtre Finder vers /Applications et une vers le nouveau dossier.
Sélectionnez dix applications de votre dossier Applications. Cliquez avec le bouton droit et choisissez Créer un alias. Attendez un peu. Ensuite, faites glisser les alias que vous avez créés dans le nouveau dossier. Répétez cela (dix applications à la fois) avec le reste de votre dossier /Applications.
Maintenant, vous avez des "liens" vers toutes vos applications dans votre nouveau dossier. Organisez-les comme vous le souhaitez. Vous pouvez maintenant double-cliquer sur les alias dans ce dossier pour lancer les applications correspondantes. N'hésitez pas à renommer et réorganiser ces alias comme vous le souhaitez.
Notez qu'avec cette méthode, les mises à jour devraient fonctionner. Cependant, vous devrez ajouter manuellement chaque application que vous installez dans l'autre dossier.
