Malheureusement, il semble s'agir d'une fonctionnalité (plutôt mal implémentée). Vous pouvez le tester en faisant un clic droit sur le surlignage et en changeant la couleur - vous verrez que la couleur de la note change aussi. À mon avis, c'est mal implémenté car cela cache le texte sous l'icône de la note.
Je vous recommande d'ajouter des notes et des surlignages séparément avec des couleurs différentes pour les différencier.
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Alternativement, vous pouvez utiliser une application tierce qui montre les notes associées aux surlignages de manière plus efficace, comme PDF Expert:
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Cependant, pour ajouter ou enregistrer les notes (au lieu de simplement les visualiser), vous devrez acheter la version complète pour une coquette somme de 80 $.