Problème iCloud après la mise à jour El Capitan 10.11.2

Après avoir mis à jour mon MacBook Pro en 10.11.2, j'ai des problèmes énormes avec iCloud. Jusqu'à présent, je constate que :

1. Je ne peux plus utiliser Messages.

2. Je ne peux pas utiliser FaceTime.

3. Je ne peux pas m'authentifier sur iCloud via le Panneau des Préférences.

J'ai vérifié mes informations d'identification iCloud ailleurs (sur un autre Mac, sur iCloud.com, sur un appareil iOS).

Est-ce que quelqu'un sait comment je peux forcer iCloud à reconnaître mes informations d'identification sur cette machine ?

EDIT: En réponse aux nombreuses suggestions de Tetsujin, je les ai répertoriées ici :

1. La réinitialisation de la NVRAM a été effectuée.
2. Le MacBook a été démarré en Mode sans échec.
3. IMPOSSIBLE d'utiliser Messages en Mode sans échec.
4. Le statut du service a été vérifié (EN MARCHE).
5. Déconnexion puis reconnexion de Messages et FaceTime sur tous les appareils.
6. Redémarrage des routeurs et de l'accès Internet entrant.
7. Essai avec un Fournisseur d'Accès Internet alternatif.
8. La vérification de l'affichage des N° de série, et est valide.
9. Désactivation de tous les pare-feu.
10. Vérification de la véracité du fichier /private/etc/hosts.
11. Vérification qu'aucun proxy n'était utilisé.
12. Suppression des entrées du trousseau pour imessage et com.apple.idms.
13. Vérification que le compte Invité PEUT accéder à Messages.
14. Suppression de com.apple.apsd.plist et redémarrage.
15. Réinitialisation du SMC.
16. Réinstallation de MacOS 10.11.2.

Aucune de ces actions n'a fonctionné pour moi.

EDIT 2: J'ai également des problèmes pour exécuter des applications achetées via l'AppStore. Chaque fois que j'en lance une, je dois me connecter à l'AppStore pour vérifier l'achat.

EDIT 3: J'ai effectué de nombreux changements, y compris des suppressions de Caches, StartupItems, Bibliothèques, etc. (en collaboration avec le Support AppleCare), et rien n'a encore résolu le problème. Je documenterai tout au fur et à mesure que le temps le permettra.

EDIT 4: Le problème va au-delà d'iCloud, mais concerne également certaines applications qui nécessitent l'accès à certains sous-dossiers dans ~/Library. Par exemple, lorsque j'essaie de mettre à jour le logiciel Fiery d'EFI, j'obtiens ceci :

Et lorsque j'exécute OmniFocus, je vois cette réponse :

Et certaines applications qui utilisent le framework Sparkle pour effectuer des mises à jour échouent simplement. iSale 5 en est un exemple :

Certaines applications fonctionnent bien, tandis que d'autres manifestement non. Il y a clairement un problème majeur de permissions quelque part. Je n'ai simplement pas encore pu le trouver.