Le FAQ de Carbon Copy Cloner indique:
Oui et non, ça dépend vraiment. Les performances seront affectées pendant le clone (surtout le premier) car CCC lit l'intégralité du volume source et écrit sur le volume de destination. Si votre travail est "bound" par le disque - c'est-à-dire que vos applications lisent ou écrivent sur le source ou la destination, alors vous remarquerez une baisse de performance. Si vous êtes simplement en train de lire des emails ou d'écrire un document Pages, vous ne remarquerez probablement pas la baisse de performance.
L'impact sur la précision de la tâche de sauvegarde est quelque chose qui doit également être pris en compte. En général, il est possible de travailler depuis le volume source pendant que vous le copiez, en sachant que si CCC a copié un fichier, que vous l'ouvrez, y apportez des modifications, l'enregistrez, puis que CCC termine la tâche de sauvegarde, la version modifiée de votre document n'est pas sauvegardée (cette fois-ci). En général, ce n'est pas grave, les modifications seront sauvegardées la prochaine fois que la tâche de sauvegarde sera exécutée. Plus important encore, si vous travaillez avec de gros fichiers (image disque montée, base de données email Entourage, conteneur VMWare/Parallels) pendant l'opération de sauvegarde, il est possible que ces gros fichiers soient modifiés pendant que CCC est en train de le sauvegarder. Cela n'affectera pas le fichier source, mais il y a de fortes chances que la version de sauvegarde de ce fichier soit corrompue. Pour cette raison, il est préférable de cesser d'utiliser des applications susceptibles de modifier de gros fichiers.
TL;DR: il y a une baisse de performance en fonction de l'intensité des E/S de fichiers que vous produisez ; les fichiers sur lesquels vous travaillez ne seront pas sauvegardés ; les gros fichiers peuvent être corrompus.