ICloud est une solution de synchronisation, mais pas une solution de sauvegarde. La suppression depuis un appareil supprime de tous les appareils, par conception.
Si vous utilisez deux identifiants séparés, ils ne se synchroniseront pas du tout. Chacun sera complètement indépendant.
Si vous ne souhaitez pas de synchronisation, il serait préférable de la désactiver plutôt que d'essayer d'utiliser deux identifiants séparés.
Préférences Système > iCloud > iCloud Drive > Options… Désactivez tout sauf les éléments essentiels comme les Contacts etc.
Comme c'est une structure que je n'ai jamais utilisée, précisément parce que je ne veux pas les mêmes données sur tous les appareils, je ne sais pas quels avertissements vous obtiendrez si vous les désactivez. Assurez-vous qu'au moins un appareil conserve les données originales et assurez-vous que Time Machine est à jour.