Oui, il est tout à fait possible d'avoir un mélange de sauvegardes TM chiffrées et non chiffrées du même Mac. En fait, c'est exactement ce que j'utilise pour mon MacBook Pro : 3 disques de sauvegarde, un disque non chiffré qui reste à la maison, et deux disques chiffrés qui tournent à l'extérieur.
Lorsque vous sauvegardez sur un disque dur directement connecté, la seule différence entre une sauvegarde chiffrée et non chiffrée est la façon dont le disque de sauvegarde est formaté - une sauvegarde non chiffrée est au format "Mac OS étendu (journalisé)", et une sauvegarde chiffrée est au format "Mac OS étendu (journalisé, chiffré)".
Cependant, notez que le chiffrement s'applique à l'ensemble du disque (ou volume, s'il est divisé en plusieurs partitions). Cela signifie que si vous avez deux ordinateurs sauvegardant sur le même disque, ils seront tous les deux chiffrés (avec le même mot de passe). De même, tout autre fichier que vous stockez sur le disque de sauvegarde (/volume) sera également chiffré.
Juste pour être complets, si vous sauvegardez vers une cible réseau (Time Capsule, serveur de fichiers, dispositif NAS, etc), le chiffrement fonctionne de manière assez différente. Pour les cibles réseau, TM crée une image disque sur le serveur et sauvegarde dedans, et peut utiliser des formats d'image disque chiffrés ou non chiffrés. En conséquence, le chiffrement s'applique uniquement à la sauvegarde elle-même, et non à tout ce qui est stocké sur le serveur. Mais il est toujours possible de mélanger librement les types de cible : vous pourriez avoir le même Mac sauvegardant sur un disque local non chiffré, et un disque local chiffré, et une cible réseau chiffrée, et une cible réseau non chiffrée. Aucun problème.