Une raison pour laquelle certains des photos supprimées pourraient être retrouvées est due à la nature de la mémoire flash de l'iPhone sur laquelle les données sont enregistrées - la suppression ou la réécriture des données est un processus lent sur une telle mémoire. Ainsi, les données dans une mémoire flash sont constamment déplacées pour l'optimiser, et lorsque vous supprimez un fichier, il n'est peut-être pas supprimé immédiatement mais déplacé et marqué pour être supprimé plus tard. (Plus d'informations - Suppression permanente sur SSD).
Par conséquent, bien que iOS et l'application Photos ne vous montrent peut-être pas le fichier sur votre iPhone ou iPad après l'avoir "supprimé" dans Photos, il pourrait toujours être en mémoire jusqu'à ce qu'il soit réellement supprimé. C'est peut-être une raison pour laquelle vous pouvez les voir lorsque vous montez le lecteur de l'iPhone sur Linux. (Je spécule ici car je ne sais pas comment vous montez votre iPhone sur Linux et accédez à ses données).
Les doublons pourraient être dus aux modifications que vous avez apportées aux photos ou aux photos prises en mode rafale ou en mode HDR.