Je n'ai jamais vécu cela dans Safari, et je pense qu'il y a un certain raccourci en conflit. Soit cela, "assez fréquemment" votre focus de souris est sur Flash ou Java, et les raccourcis ne sont pas envoyés au navigateur (ce qui ne semble pas très probable étant donné la fréquence).
Étant passé à Safari après plusieurs années d'utilisation de Chrome et Firefox, j'ai paramétré les commandes Onglet précédent/suivant sur ++/, en utilisant les Préférences Système. Encore une fois, je n'ai jamais eu de problèmes pour basculer, donc je suggère (si vous êtes prêt, et ne trouvez pas la source du problème) de le changer pour un autre raccourci que vous pouvez vous rappeler.