Si vous avez raison à propos de la compatibilité du système d'exploitation, alors oui, installer la dernière version qui fonctionne bien pour moi sur Yosemite devrait fonctionner.
Pour répondre à votre question sur la mise à jour : Si je me souviens bien, Scilab est une installation standard sur Mac via un fichier .dmg, il suffit de glisser l'application dans le dossier Applications.
Si c'est le cas, il vous suffit de télécharger le dernier fichier .dmg depuis ici - http://www.scilab.org/download/5.5.1 (assurez-vous de télécharger celui vérifié pour 10.10), monter l'image disque et copier l'application dans le dossier Applications en écrasant la version précédente. Et maintenant ça devrait fonctionner. Laissez-moi savoir si ce n'est pas le cas.