Bizarrement, j'ai eu un problème extrêmement similaire. Il y avait une petite barre qui apparaissait sous le Dock sur mon bureau, à peu près aussi longue que le Dock est large (mon Dock est vertical) et avec des coins arrondis. Elle était noire, et les points des applications en cours d'exécution sur mon Dock sont également noirs (alors que les vôtres sont gris, et la barre est grise).
La mise à jour de la 10.10.1 à la 10.10.2 l'a fait disparaître. Puis il est réapparu, ainsi qu'un deuxième. Il a survécu aux redémarrages. Je ne pensais pas qu'il faisait partie du Dock, car il restait au même endroit lorsque je déplaçais le Dock du côté droit de l'écran vers le bas. Cependant, lorsque le second est apparu, et que j'ai passé mon curseur sur le dock (ce qui a déclenché l'agrandissement des icônes), il est resté au-dessus des icônes du côté applications du dock, et était en dessous des icônes du côté corbeille du dock.
J'ai finalement exécuté cette commande en terminal pour tuer le Dock, et quand il a redémarré lui-même, les barres avaient disparu. Cela fait environ un jour et elles ne sont pas réapparues. Je croise les doigts. Je suppose que c'est un bug de Yosemite.
killall -KILL Dock