Il existe une préférence que vous pouvez définir pour que la composition d'un nouveau message se fasse par défaut dans une boîte aux lettres spécifique plutôt que dans la boîte aux lettres actuellement sélectionnée.
Les réponses sont envoyées par le compte auquel le message a été adressé. Je ne suis pas sûr que cela permette de trancher une égalité si vos deux adresses sont incluses ou copiées, mais vous pouvez toujours remplacer le compte "de" en cliquant sur votre nom/e-mail sous le champ objet.
Dans la fenêtre de composition du message, un menu déroulant situé au-dessus du corps du message, à droite, permet de sélectionner l'adresse électronique à partir de laquelle vous envoyez le message. La valeur par défaut dépend de la boîte aux lettres que vous avez sélectionnée dans la fenêtre principale des messages. On dirait que c'est ce que vous faites.
Si vous êtes sûr que ce qui précède est fait, il est possible que des filtres ou des balises gmail s'interposent et donnent l'impression que la réponse atterrit dans la boîte de réception de l'un alors qu'elle se trouve dans une autre.
Je vérifierais le webmail et verrais si le problème s'y retrouve. Si c'est le cas, il est probable que vous n'envoyez pas depuis le bon compte, même si vous le pensez.