Vous pourriez vous pencher sur VeraCrypt qui est le successeur open-source de TrueCrypt et existe pour Windows, OS X et Linux. Il peut également ouvrir des conteneurs TrueCrypt existants. https://veracrypt.codeplex.com
Comme TrueCrypt, VeraCrypt peut créer un fichier conteneur crypté qui ressemble à un fichier image DMG ou ISO et qui peut être copié, de sorte qu'il tiendrait sur un lecteur USB au format FAT32 tant que la taille du fichier reste inférieure à 4 Go, car FAT32 ne peut pas contenir de fichiers individuels plus grands que cela. Pour ce fichier conteneur, vous pouvez choisir entre FAT, exFAT et OS X Extended comme format interne. Pour une compatibilité maximale entre Windows et OS X, FAT est le bon choix. ExFAT peut prendre en charge des fichiers de plus de 4 Go et est pris en charge par Windows XP, mais il n'est pas pris en charge dans OS X avant 10.6.5 Snow Leopard.
Enfin, vous pouvez également utiliser VeraCrypt pour créer un VOLUME DE DRIVE ENCRYPTÉ, de sorte que toute la clé USB ou une partition elle-même soit cryptée. Cependant, VeraCrypt ne crypte pas directement les fichiers existants. Vous créez d'abord un fichier conteneur crypté vide ou un volume de disque, puis vous y copiez vos fichiers.