Faites toujours une copie de vos documents et de votre bureau avant même de penser à désactiver iCloud.
Si vous cliquez sur le bouton "Garder une copie", ce que ce bouton signifie en fait.
"Je vais créer de nouveaux dossiers appelés Documents et Bureau, ils seront vides lorsque vous les ouvrirez".
Il conservera la majorité de vos fichiers dans le dossier ~/Bibliothèque/Documents mobiles/iCloud Drive.
Par certains fichiers, je veux dire que certains des fichiers contiendront des références aux fichiers du lecteur iCloud. Vous les verrez apparaître normalement dans le Finder mais vous ne pourrez pas les visualiser.
Par exemple wall1.jpg dans le finder, si on l'examine de près dans le Terminal s'appelle en fait .wall1.jpg.icloud <-- toute tentative de le renommer à partir de ce fichier, donnera un jpg vide sans aucune donnée.
Une chose est sûre, la relation entre iCloud Drive / Backup et vos fichiers est inversée.
Votre ordinateur portable devrait être le maître où iCloud agit comme une "sauvegarde". En réalité, iCloud est le maître et votre ordinateur portable peut ou non avoir le contenu complet de ces fichiers.
En ce qui concerne la mise à jour, j'imagine que ce serait une bonne idée de la laisser s'exécuter, pour minimiser les risques de ne pas avoir tous les fichiers locaux "complètement présents".